En esta novela José María Eça de Queiroz nos muestra, de manera descarnada, lo oscuro de la naturaleza humana. Todos los matices posibles de un ser humano, desde los más admirables, pasando por los más siniestros y hasta los más bajos son puestos ante nuestros ojos por la maestría del autor. Y esto resulta más impactante cuando el personaje es un integrante de la Iglesia.
En El crimen del padre Amaro el autor utiliza los recursos del realismo, movimiento al que admiraba y adhería. En las Conferencias del Casino (1871), organizadas por el poeta Antero de Quental, Eça de Queiroz participa con la conferencia “El realismo como nueva expresión del arte”. En ella defiende al realismo como una herramienta que abrirá los ojos de la sociedad para que pueda avanzar y en contra del Romanticismo al que en ese momento se lo consideraba como causa de la decadencia social. En este sentido en los momentos más dramáticos de la novela se vale de los recursos del Romanticismo desplegando una maravillosa prosa poética para describir los paisajes, los cuales acompañan la tristeza de los personajes. Pero estas tristezas y sufrimientos están generados por la falsedad y la hipocresía de quienes se debería esperar justamente honestidad, consuelo, castidad. Así, a la aguda crítica a la Iglesia y a la sociedad se agrega una sutil, pero no por eso menos intensa, crítica al Romanticismo.
No solo la sociedad provinciana, ámbito en el que transcurre esta novela, cae bajo la crítica del autor si no toda la sociedad portuguesa representada por Lisboa pues la obra se cierra con una pintura triste y sórdida de la actitud de los portugueses frente a los hechos de la Comuna de París en 1871.
Eça de Queiroz logra introducirnos en un mundo muy vívido en el que además el narrador muchas veces no diferencia su voz de la de los personajes. Esto nos obliga a los lectores a tomar distancia, a sacar nuestras propias conclusiones, no estamos ante personajes de una novela, sino ante personas de carne y hueso.